Todos los elementos relacionados con la seguridad se deben tener en cuenta para el diseño de la sala. Incluso para aquellos protocolos que no están relacionados con las características físicas de la sala sino con, por ejemplo, la seguridad de los empleados que las usarán, prever la seguridad de estos implica modificaciones en el diseño de la sala limpia para garantizar que la seguridad sea máxima en todos los aspectos.